La struttura della CRUI è rappresentata da:
ASSEMBLEA GENERALE (AG)
L'AG è formata da tutti i componenti della CRUI, Rettori delle università e degli istituti universitari italiani.
Si riunisce una volta al mese e delibera a maggioranza assoluta dei presenti
GIUNTA
La Giunta è composta dal Presidente, dai due Vice-presidenti, dal Segretario Generale e da altri sette Rettori eletti dall' Assemblea Generale. Resta in carica tre anni e i singoli Rettori possono essere rieletti per non più di due mandati consecutivi. Ogni componente della Giunta è responsabile di una delle attività di studio e ricerca che la CRUI svolge per orientare le proprie scelte e per definire modelli operativi per le università.
PRESIDENTE
Il Presidente è il rappresentante legale della CRUI, viene eletto ogni tre anni dall'Assemblea Generale e non può assumere la carica per più di due mandati consecutivi. Inoltre il Presidente convoca e presiede l'Assemblea Generale e la Giunta, predispone gli ordini del giorno e i lavori preparatori, fornisce elementi per le scelte da operare, organizza e prepara le riunioni della CRUI, fa eseguire le deliberazioni. Il Presidente ha inoltre compiti di ricerca, studio e programmazione, attività in cui è affiancato da commissioni tematiche ad hoc.
VICE-PRESIDENTI
I Vice-Presidenti sono eletti dalla Giunta tra i componenti dello stesso. Svolgono, anche disgiuntamente e con precedenza al più anziano di nomina a rettore, le mansioni del Presidente su sua delega o per suo impedimento o assenza.
SEGRETARIO GENERALE
Nominato dal Presidente tra i membri della Giunta, il Segretario Generale indica al Direttore le linee guida per il funzionamento delo staff. Cura, inoltre, il patrimonio della CRUI, vigila sulla tenuta dei registri e dei documenti contabili e cura la preparazione del bilancio annuale sia preventivo che consuntivo (entrambi presentati per l'approvazione all'Assemblea Generale, accompagnati da una relazione della Giunta).
DIRETTORE
Il Direttore è nominato dal presidente e sovraintende alla direzione operativa dello staff della CRUI, alla gestione delle risorse umane, alla gestione dei rapporti istituzionali
