Per svolgere nel migliore dei modi la propria attività, la CRUI può contare su un'organizzazione articolata ed efficiente strutturata in organi politici e di indirizzo e organi operativi. L'attività di indirizzo politico è realizzata sulla base di Commissioni guidate dalla Giunta sui principali temi legati all'evoluzione del sistema universitario.

Negli ultimi anni parte dell’attività istituzionale e progettuale della CRUI si è concentrata su:
• promozione e monitoraggio del trasferimento tecnologico;
• facilitazione e incentivazione delle relazioni internazionali;
• sviluppo delle relazioni fra le università e il mondo del lavoro;
• sostegno alla cultura della valutazione della qualità e sperimentazione di modelli innovativi.

Dal 2007 la CRUI è l'associazione delle Università italiane statali e non statali riconosciute. Nata nel 1963 come associazione privata dei Rettori, ha acquisito nel tempo un riconosciuto ruolo istituzionale e di rappresentanza e la capacità di influire sullo sviluppo del sistema universitario attraverso un'intensa attività di studio e di sperimentazione.

Dal 2001 la Conferenza dei Rettori è affiancata dalla Fondazione CRUI, incaricata di sviluppare azioni di interfaccia fra sistema universitario e società nell’ottica dello sviluppo culturale ed economico del Paese

I Presidenti della CRUI dal 1963

Seminario “Università e Cooperazione allo Sviluppo: un partenariato strategico”, per la sensibilizzazione sui temi dello sviluppo e dell’agenda post-2015.